Das ISOE entwickelt seit mehr als 30 Jahren wissenschaftliche Grundlagen und zukunftsweisende Konzepte für sozial-ökologische Transformationen. Dazu arbeitet das in der transdisziplinären Forschung ausgewiesene Institut sowohl grundlagen- als auch beratungsorientiert. Seine Wissenschaftler*innen aus unterschiedlichsten Disziplinen der Sozial- und Naturwissenschaften forschen in engem Austausch mit Akteur*innen aus Zivilgesellschaft, Politik und Wirtschaft zu drängenden globalen Problemen wie Wasserknappheit, Klimawandel, Biodiversitätsverlust und Landdegradation – auch in internationalen Projekten. Für tragfähige Lösungen arbeitet das ISOE mit dem Konzept sozial-ökologischer Versorgungsysteme (SES), das die vielfältigen Dynamiken zwischen Gesellschaft und Natur zueinander in Beziehung setzt. Dafür bildet die Frankfurter Soziale Ökologie als Wissenschaft von den gesellschaftlichen Naturverhältnissen die theoretische Grundlage.